Wyloty położone na terenie portu morskiego a pozwolenie wodnoprawne

Firma XYZ wystąpiła z wnioskiem o wydanie pozwolenia wodnoprawnego na odprowadzanie wód opadowych i roztopowych do rzeki Parsęty z 12 wylotów. Zarząd Zlewni ABC wysłał pismo o wszczęciu postępowania jedynie dla 10 wylotów. W stosunku do dwóch pozostałych wylotów zarządzono odrębne postępowanie. Zarządzono także obowiązek przygotowania osobnego operatu wodnoprawnego i przedłożenie go do Regionalnego Zarządu Gospodarki Wodnej X, jako organu właściwego, zgodnie z art. 397 ust. 3 pkt  1a ustawy Prawo wodne oraz §2 rozporządzenia Rady Ministrów z 9 listopada 2010 r. w sprawie przedsięwzięć mogących znacząco oddziaływać na środowisko. Te dwa wyloty leżą na terenie portu morskiego. Czy Zarząd Zlewni ABC słusznie przytoczył podstawę prawną do złożenia wniosku do innego organu?